Tübülointersitisyel nefritten doğrudan zarar gören tek organ sistemi böbreklerdir. Böbrek fonksiyonları genellikle azalmıştır ancak bu azalma hafif fonksiyon kaybı şeklinde de böbrek yetmezliği şeklinde de olabilir. Kronik tübülointersitisyel nefrit tablosunda görülen en ciddi uzun vadeli zarar böbrek yetmezliğidir.