Böbrek taşı 2 cm’den büyük veya ESWL ile kırılamayan sert bir taş ise kapalı böbrek taşı ameliyatı uygulanır. Bu ameliyata tıp dilinde perkütan nefrolitotomi ya da kısava PNL adı verilir. Bu işlemde, sırt bölgesinde, cilt üzerine yaklaşık 1 cm’lik bir kesi yapılır. Bu kesiden böbrek içine bir tel gönderilir.