Hastalığın cerrahi tedavisi , hastadaki timus bezinin ve çevresindeki dokunun ameliyat ile çıkarılmasıdır. Ameliyat sonrasında hastaların %25 inde tam iyileşme, ve %70 inde kısmi iyileşme olduğu bildirilmiştir. Timoma saptanmasa dahi medikal tedaviye dirençli miyastenia hastalarında ameliyat önerilmektedir.