Molekül aynı cins atomların oluşturduğu temel yapıtaşlarıdır örneğin, H2, O3 gibi. Bileşikler ise yine oluşan yapının temel halini gösterir ama farklı cins atomlardan oluşur örneğin Fe2O3 yada H2O2 olarak örneklenebilir. Örneğin iyonik bağlar bir molekül içinde olamaz ama bileşik içinde olabilir.