Bu nedenle, mikroorganizmaları tanımada, boyama çok önemli role sahiptir. Bunun için çok özel boyama yöntemleri ortaya konulmuştur. Günümüzde, mikrobiyoloji alanında doğal boyalar (karmin, orsein, indigo, kınakına, v.s) çok az kullanılmasına karşın, sentetik boyalardan çok daha fazla yararlanılmaktadır.