Metilen mavisi sentetik bir boyar maddedir. Nükleik asitler gibi negatif yüklü hücre bileşenlerini boyararak hücre görüntüsünde kontrast oluşturur. Böylelikle özellikle mikroskop altında şeffaf görünen hücre bileşenlerini birbirinden ayırt etmek kolaylaşır.