Her tedavi yönteminde olduğu gibi ablasyon işleminin de riskleri (komplikasyon) vardır. Kasıkta kanama, kasık damarında zedelenme, kalp zarına kanama, kalpte delinme, pıhtı atması, kalp içinde kapakçıkların ve iletim sisteminin zarar görmesi veya kalbe komşu organların hasarlanması gibi riskler söz konusudur.