Habitat parçalanması, çoğunlukla doğal bitki örtüsünün tarım, kırsal kalkınma projeleri, kentleşme, hidroelektrik santrallarının inşası gibi insan eliyle gerçekleşen faaliyetler tarafından bozulduğunda da oluşabilirler. Böylece bir zamanlar bir bütünlük teşkil eden habitatlar ayrı parçalara bölünmüş hale gelir.