Ablasyon tedavisi, ilaç tedavisini tahammül edemeyen veya ilaçların normal ritmi idamede başarısız olduğu hastalarda uygulanır. İşlemin amacı AF’ye yol açan odakların “yakma” ya da “dondurma” yöntemi ile elektriksel olarak yok edilmesi olayıdır. İşlem ortalama 1.5 saat sürmektedir.